阿里云专有网络公网ip_把你的shiny网页工具部署在云服务器

我之前在盛信菜鸟群里发过帖子：，提到每月可以花几块钱购买一台“1核2G服务器”标准产品，不仅可以练习Linux命令，还可以搭建博客：，还可以制作地图床或隧道。随后浙江大学的一位博士发现了这种“1核2G服务器”的另一种用途，分享给大家。

以下为投稿内容

原因

我们课题组拥有油菜籽核心种质资源，几年前经过重测序已经发表。但课题组后续的很多项目都是基于这一核心种质资源。实验室成员经常需要搜索和分析某些基因的特定SNP，所以在自学了一段时间的Shiny后，我尝试构建一个Shiny应用程序并使用它。 Shiny-部署在课题组的服务器上，但是由于我开发的Shiny应用程序本身打开速度就慢，而且服务器经常处于负载状态，所以Shiny应用程序打开速度更慢，有时甚至加载时间太长。直接打不开。恰巧我关注了盛鑫技能树推文更新，了解到可以搭建一个云服务器来部署Shiny应用程序。

购买服务器

起初，@ Xiong 建议我使用.io 来部署Shiny 应用程序。从名字就可以看出，它是专门为部署Shiny应用程序而开发的服务器。有免费版本和企业版本。对我来说，免费版本就足够了。具体使用方法可以参考官方手册。我不会在这里讨论它，因为我的应用程序无法部署。我使用的一个包显示源有问题并且不兼容。具体来说，我从CRAN安装了这个包，但是在使用检测时，显示了源。这非常尴尬。我发现很多用户都遇到过类似的问题。一些解决方案是从 CRAN 安装来绕过这个问题。问题好像是无法安装，无奈放弃，购买云服务器进行部署。

服务器厂商有很多。我也尝试在海外注册AWS。它提供一年的免费试用，但是在注册和激活时，我需要填写我的信用卡信息。我没有，只能放弃，转用国内云服务器。国内服务器主要有阿里云、腾讯云、华为云CLOUD等，盛鑫技能树在上也专门介绍过。有需要的朋友请关注生信技能树并阅读推文！

最终我选择了阿里云。我先进入阿里云，注册登录，然后对学生进行认证。

我直接购买了一年的学生套餐，快速浏览了一下，发现还可以获得20元优惠券：

最终我94元买了一台最低配置的服务器（1核2G、1M机架、40G云盘）一年。我主要用它来部署服务器，所以很简单。在选择地区的时候，我选择了华东（杭州）。我不记得在哪里读过博客。测试发现不同地区差别不大，于是我毫不犹豫地选择了自己所在的城市地区。对于系统，我选择了.04 64位（似乎这是唯一可用的版本）

购买后进入控制台，控制台包含云服务器的详细信息。对我来说最有用的是拥有一个公共IP，这样我的Shiny应用程序就可以在世界各地访问！

配置服务器

有了云服务器，你就可以做各种各样的事情。我已经搞乱了好几台服务器，所以安装配置部署环境还是​​比较顺利的。如果你是新手，请参考生心技能树的帖子：基本可以顺利过关。

这里我只讲安装Shiny-。默认情况下，您已经安装了R语言和Shiny包：

首先去官网下载，里面有详细的安装方法：

sudo apt-get install gdebi-core
wget https://download3.rstudio.org/ubuntu-14.04/x86_64/shiny-server-1.5.14.948-amd64.deb
sudo gdebi shiny-server-1.5.14.948-amd64.deb

安装完成后，将会自动创建shiny用户。

需要注意的是，进入你购买的云服务器后，实际上是以root用户登录的。我第一次部署的时候，安装的包都是root用户安装的，所以我修改了配置问题，使用root用户运行Shiny。 -，一开始运行正常，但后来突然无缘无故停止工作，所以我最后不得不删除所有R包并以闪亮用户身份登录。

shiny用户登录后，首先做了一些设置，主要是R语言和shiny-：

# vi .Rprofile
Sys.setenv(LANG="en_US.UTF-8")
options=(repo = c(CRAN = "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")

# vi .Renviron
R_LIBS=/home/shiny/R_Library

那么shiny-配置文件如下：

# Instruct Shiny Server to run applications as the user "shiny"
preserve_logs true;
sanitize_errors false;
run_as shiny;

# Define a server that listens on port 3838
server {
  listen 3838;

  # Define a location at the base URL
  location / {

    # Host the directory of Shiny Apps stored in this directory
    site_dir /srv/shiny-server;

    # Log all Shiny output to files in this directory
    log_dir /var/log/shiny-server;

    # When a user visits the base URL rather than a particular application,
    # an index of the applications available in this directory will be shown.
    directory_index on;
  }
}

然后就是需要用到的各种R包的安装。我不会在这里讨论它们。网上教程太多了。如果学徒安装R包失败，肯定会遇到各种缺少依赖的问题。这时候，就是百度了。缺什么？拿什么来弥补！

需要注意的是，由于我购买的是最低配置的服务器，所以一些需要编译的R包有时会因为内存不足而无法编译安装。这时候我的建议是多安装几次，总会成功的！

准备环境全部准备好后，即可将Shiny应用文件上传到/srv/shiny-目录下。您可能需要修改目录权限：

sudo chown -R shiny:shiny shiny-server

还剩下最后一步。云服务器有一个额外的安全组。您需要进入控制台进行设置：（左侧栏）网络和安全-安全组。进入后，手动添加即可，并开放3838端口，此时在浏览器中打开公网IP:3838/应用程序名称，就可以看到你部署的应用程序了！我这次部署了两个应用程序：3838/和：3838/gwas。他们目前运行良好，打开速度也不错！

以上是我在云服务器上部署shiny app的经验。一开始我并没有打算记录下来。信息爆炸的时代，技术共享太多。不过@jimmy说每个人的故事都不一样，所以我以后再写下来。记得记录下来，如果能帮助到别人那就最好了！限于我的能力，肯定还有很多不足之处。

友情推荐见文末

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